Dopo l'allestimento, ci possiamo dedicare alla fase più interessante per ogni mediterranista, la raccolta degli organismi. In primo luogo sarà fondamentale conoscere il comportamento e il luogo in cui vivono gli ospiti che abbiamo intenzione di catturare. Le zone rocciose e le pozze di scogliera possono essere sicuramente un buon punto di partenza.

Grazie all'ausilio di un retino, non sarà difficile catturare piccoli pesci ( cefali e bavose ) e qualche gamberetto attirati con del cibo all'interno. Con maggiore facilità, utilizzando dei guanti possiamo raccogliere ricci, stelle di mare, paguri, lumache e qualche attinia fissata sulle rocce a pochi cm di profondità. Un altro luogo interessante da prendere in considerazione è rappresentato dal porto  e dalle zone in cui si trovano le barche dei pescatori. Questi infatti, scarteranno molti animali, rimasti accidentalmente  imbrigliati nella loro rete e successivamente gettati in mare a qualche metro di profondità. Nella raccolta di organismi di un certo rilievo dovremo procurarci necessariamente un'attrezzatura subacquea o una canna da pesca. In quest 'ultimo caso è buona norma utilizzare piccoli ami con un ridotto ardiglione. Per ridurre al minimo il rischio di danneggiare i pesci, bisognerà  recuperarli   senza strappi e slamarli dopo avere bagnato accuratamente le mani. Con la pesca in apnea, oltre alla possibilità di raccogliere specifici pesci e invertebrati,  possiamo  osservare da vicino l'ambiente in cui vivono studiando e osservando il loro comportamento. Buone opportunità di ricerca si potranno avere rovistando  nei fondali rocciosi e in prossimità di praterie di Posidonia. Anche in questo caso, un retino ci  permetterà di catturare  Scorfani, Bavose, Tordi, piccoli Chromis Chromis ecc... Indipendentemente dai mezzi di pesca utilizzati, ogni appassionato dovrà agire con buon senso evitando di raccogliere e danneggiare organismi protetti e di difficile allevamento, solo per la smania di vederli nel proprio acquario. Generalmente sarà necessario raccogliere gli invertebrati insieme al substrato su cui vivono mediante l'utilizzo di uno scalpello e martello facendo attenzione a non danneggiare gli organismi. Altri, invece, come le attinie si dovranno staccare dalle pietre forzando delicatamente la base con le dita facendo attenzione a non toccarsi involontariamente in viso e in altre zone sensibili  in quanto sono animali abbastanza urticanti. Maggiori problemi di cattura si ha con il Cerianthus che  al primo cenno di pericolo tenderà a insabbiarsi velocemente complicandoci un po' la vita. Una volta individuato, si dovrà scavare attorno rapidamente e afferralo in profondità alla base del tubo sempre con molta accortezza.